Релефът, върху който е разположена територията на община Невестино, е силно пресечен от множество предпланини и долове. Преминава от север на юг от котловинно–хълмист в планински.
Скалният състав е доста разнообразен както по вид, така и по своята принадлежност към различни геологически формации. Най–широко са разпространени кристалните шисти, варовиците и конгломератите. По–слабо са застъпени палеогенните вулканати, осоговският гранитопрофир и други. В югозападната част от територията на общината са разпространени метаморфните скали, предимно гнайси. Тези скали се срещат и в югоизточната част на землището на с. Ваксево, предимно по десните склонове на р. Елешница и в по–малка част по склоновете на р. Речица.
В най–ниската част – Кюстендилската котловина скалите са изградени от пясъчни мергели, пясъчници и речни наноси по двата бряга на р. Струма. Характерно за скалите в територията на общината, е че са силно изветрели и напукани. Това е дало своето отражение върху образуването на добри почви и за растежа на горскодървесната растителност.
Климатът на територията на община Невестино се формира от специфичните орографски условия – високи планини и дълбока мердиална долина на р.Струма, съчетани с близостта на Беломорието. Съгласно климатичното райониране в Р.България климатичната област е Европейско–континентална, подобласт – преходно–континентална и климатичен район – Кюстендилско–Благоевградски и Рило–Осоговски.
Преходно–континенталният климат се характеризира със следните температури на въздуха:
- средноянуарска - 0,6 С
- средноюлска + 21,6С
- средногодишна + 10,9С
- абсолютна минусова температура - 27,0 С
- абсолютна максимална температура + 41,0 С
Минималните температури са по–ниски по поречието на реките, където в условията на температурните инверсии става оттичане на студени въздушни маси.
Пролетта в североизточната част се характеризира с по–бързо повишаване на температурата, но и с мразове и късни пролетни слани.
Лятото е горещо и през август често настъпват засушявания. То е по-прохладно в южните части, което създава условия за развитие на туризма и отдиха.
Есента е често по топла от пролетта, като температурата през октомври е по–висока от тази през май.
Зимата в северните части е сравнително по мека в сравнение с тази в южните, които са с надморска височина над 700м.
Годишната сума на валежите е около 610мм.,при средно за страната – 650мм. Те се отличават с подчертан юнски максимум и добре изразен февруарски минимум.
Дните с валежи от сняг са средно 22, като най–много са те през януари - 6, а през февруари и декеври -5.
Снежната покривка се задържа около 50 дни.